柯南最近追查组织的进度推进了不少。
他在波洛咖啡厅偷听了仁王和赤井秀一的谈话,知道了fbi开辟了新的情报线的消息，又从赤井秀一的邮件里看到了基尔传回朗姆真的只有一只眼睛，而是朗姆的一只眼睛是义眼。但没人见过朗姆的真面目,所以这只义眼是怎样的表现方式，也没人知道。“反正不可能像加勒比海盗船长那样直接戴眼罩。”灰原哀语带挖苦道。“灰原。”柯南有些无奈。“你甚至都知道波本已经潜伏在你身边了！”灰原非常不理解柯南，“现在还有朗姆……你到底在做什么？！”讲到波本，柯南已经发现了疑点。“冷静一点,灰原！”他说，“波本……我怀疑波本……”怀疑波本是卧底。会这样怀疑，当然和波本本身的态度有关。在最初接触时总是做出恐怖的样子，但柯南很快发现了其中的违和感。如果波本真的是坏人，那么他何必长时间潜伏在毛利叔叔身边呢？只要跟着毛利叔叔一起做过两次委托，就完全能够明白毛利叔叔只是个……咳,思路有些奇怪的蹩脚侦探。柯南确信波本，也就是安室透,已经发现了代表毛利侦探事务所破案的到底是谁。他一度为此而恐慌,却一直没等来后续。只是警告和惊吓,却始终没有做什么吗？还有，赤井先生对波本的态度有些微妙……那个绿川警官对波本的态度也很奇怪。但确信波本是卧底,还要回想起那天晚上，他和真纯越过真田警官的封锁偷偷跑进那栋大楼。作为绿川警官上司,和组织成员战斗的那个警官，虽然长相和身形与安室透并不相同，但给人的感觉，和见到了日内瓦后突然避开的举动……如果没有见过冲矢昴，那么柯南不会怀疑安室透。可柯南已经知道了冲矢昴就是赤井秀一，那么波本是不是很有可能就是那个公安带队的警察？有了这样的猜想,就需要去小心求证了。柯南从赤井秀一这里试了几次，没有得到什么有效的线索。赤井先生确实很乐意给他分享情报，但在一些“细节”上非常守口如瓶。不过在追查组织的事情上，柯南总是会撞到送上来的线索。波本最近被朗姆挑骨头，经常在波洛咖啡厅请假，柯南又抓准了线索，基本能够确定波本就是公安卧底了。但赤井先生知道这件事吗？如果知道，为什么没有说呢？小少年想起了公安和fbi其实已经合作组建联合小组的事。说起来，真田警官也在联合小组里，但他是不是不仅不知道赤井秀一曾经做过组织的卧底，也不知道波本是公安卧底呢？柯南想，要不要找机会邀请真田警官来波洛咖啡厅喝咖啡？但是真田警官不喝咖啡啊！甚至上班还自己带便当，便当里都是和式料理。这时候的柯南还没有摸到朗姆的踪迹。他虽然知道了朗姆有义眼，也在观察周围遇到的人，
却还没有什么怀疑对象。
就在这时，因一次案件，
柯南被邀请去长野县破案。
长野县有柯南的老朋友：被称为孔明的诸伏警官。这一次见面，和绿川警官有了更多接触的柯南，总觉得诸伏警官和绿川警官长相上有相似的地方。但他已经知道了绿川警官曾经是组织卧底，并且代号苏格兰，也从赤井秀一那里知道了一些苏格兰曾经在组织里的信息。诸伏警官似乎不知道自己的弟弟是去做卧底了。从聊天里听说诸伏警官的弟弟在警校毕业后不知所终，之后甚至寄回来了“遗物”的柯南，突然有了沉重的心情。或许是他遇到的第一个卧底是赤井秀一这样放飞自我后骨子里有些张扬的人。他见到的赤井秀一，是自行叛逃出组织后还回过头来狩猎组织成员的人。可是其他卧底呢？基尔的父亲，直接死在组织里的，甚至连代号都没有，只能用自己的生命为女儿铺路的那个中年男人，还有改名换姓不想让自己牵连到自己哥哥的绿川警官……我应该去戳穿波本吗？这就是赤井先生瞒着我，不告诉我波本是卧底的原因吗？柯南陷入了沉思。而长野县的收获还不止如此。柯南在长野县遇到了一个名为黑田兵卫的警官。据说黑田警官曾经因为一个案子而受了重伤，调离一线休养许久。应该是组织的事。柯南有这样的预感。但是义眼……这个黑田警官，似乎也有可能是朗姆。不过柯南没想到，刚告别长野县的黑田警官没多久，黑田警官就直接成了警视厅的管理官了。更正，是警视厅搜查一课的管理官。“这样的话，就是以前松本警官的位置吗？”毛利兰想了想，问毛利小五郎。毛利小五郎点了点头：“之前松本管理官因为女儿婚礼出了事，身体一下子变得糟糕了，又被那些暴力团体的人绑架……之前一直在住院。”“本来大家还在讨论，会不会从大阪或者京都调动人员过来接任东京的搜查一课管理官，没想到是调任的长野的警官。”毛利小五郎的知识面里没有黑田兵卫这个人。“他好像之前没在东京待过啊？还是在我不知道的部门？”他一头雾水。柯南在旁边听毛利小五郎回忆过去，用言语激了毛利小五郎，说毛利小五郎记忆力很差。为了在孩子们面前表现自己的能力，毛利小五郎给目暮警官打了电话。“所以那个黑田管理官，以前是公安的人吗？”他十分惊讶。目暮警官也觉得这事情有些奇怪：“按理来说是不会有公安的警官在转调警视厅后长时间不升职，一升职就直接成为警视厅的管理官的。”“不过虽然是搜查一课管理官，但黑田管理官开会时说，他主要是为了真田现在负责的那块工作内容来的，不会长时间待在管理官的位置上。”目暮警官在搜查一课二十几年了，对这一块的弯弯绕绕非常清楚?()?[(．)]??@?@??()?()，“大概是过渡性的吧()?()，
等到真田负责的那个案子结案。”
“真田那小子到底在负责什么案子啊？”毛利十分不解()?()，“公安的人也插手了吗？”
“不仅仅是公安()?()，据说还和国际刑警有合作，反正保密性很高。”目暮警官警告毛利小五郎，“不要打听太多。毛利老弟啊，你已经不是警视厅的人了。”
毛利小五郎讪讪地挂了电话。而柯南已经直接将黑田管理官和组织联系起……让黑田管理官在长野修养，受了重伤的，就是组织？！不，不能这么快就下判断。已经是警视厅管理官，但没有完全排除朗姆的嫌疑……还是先和赤井先生提一提这件事，也让赤井先生提高警惕吧！虽然不满赤井秀一没有将波本的卧底身份告诉他，但在长野见到了诸伏高明怀念自己弟弟的样子，又想起基尔当时在病房的尖锐而痛苦的神色，柯南朦胧中理解了一点卧底的危险。但他决定也不告诉赤井秀一，他已经猜到波本是卧底的事。赤井先生还不知道，公安带队的古谷先生其实就是波本吧！但是波本也不知道冲矢昴其实就是赤井先生。仔细捋清楚两个人关系的柯南决定站在中间两不相帮……至少在这个身份暴露的事情上两不相帮。他将黑田管理官在长野告诉他的事，和调任管理官这件事告诉给了赤井秀一。赤井秀一当然收到了消息，毕竟警视厅搜查一课的管理官直接对接詹姆斯。之前警视厅这一块没有对接的人，松本清长名义上是管理官但其实已经病退，真田都是自己来开会，实在需要长官出面时，小田切部长会出面。小田切的级别太高了，有些时候不适合他出面。这种情况下只有真田在，警视厅其实稍微有些吃亏。当然，黑田的调任也是警视厅和公安内部协调，并且利益分配后的结果。黑田从前是公安的人，人脉关系也很多还在公安内部。他虽然在警视厅休养了很长的时间，但基本是在医院而不是在工作。现在调任警视厅的管理官，在其他事上他也说不上话，反而是需要他将从前对付组织的经验传达给接替他与组织不断进行战斗的，行动成员。本来公安出了一个降谷零，警视厅的卧底被迫撤离，以至于警视厅差一点取消了对组织的行动小组。但真田异军突起，在对付组织这件事上贡献了许多。警视厅分了公安的蛋糕，公安为了团结认了这个结果，但上层自然还是要进行利益交换的。现在趁着其他国家的特工机构也加入进联合调查小组，警视厅的管理官也终于定了人选。黑田的上任也有平衡利益的意思。当然，真田不懂这些。他只是按照惯例将联合调查小组的内部变动告诉给了仁王。而仁王看着黑田兵卫这个名字，挑了挑眉。“联合调查小组快要重新成型了。”在又一次组织的内部小聚上，做了一段时间“文员”工作的琴酒看上去有些烦躁，“什么时候轮到行动组动手？”“朗姆出动了吗？”仁王去看稍微有些走神的贝尔摩德。贝尔摩德回过神来，偏了偏头：“这部分，日内瓦，你更清楚吧？”“公安的管理官换人了。”琴酒没有理会另外两个人的眉眼官司，而是思考自己的行动，“朗姆不会放过这个机会的。”“难得休息几天，琴，好好享受生活。”仁王叹了口气。琴酒：“新款的直升飞机刚刚入库，如果这次有机会的话……”“我觉得朗姆应该不会让你开直升飞机去‘支援’。”仁王诚恳道。琴酒抬眼冷笑：“他愿不愿意关我什么事？”